生物处理秸秆是利用高效活性生物制剂，达到使秸秆变软，提高适口性和消化率的目的，目最常用的方法是微贮法，利用乳酸片球菌，保加利亚乳杆菌，植物乳杆菌，粪链球菌合理组合的微生物调制剂，可使处理后的秸秆变软，并带有酸香味，适口性提高，采食量增加。使秸秆饲料提高了利用率。
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采用微生物发酵速度快时间短，一般气温二十度左右十五天即可，零度左右二十一天完成发酵，发酵来源广，四季均可制作，如玉米秸秆，豆秸，稻草杂草等等，常用方法有土窖贮法和塑料袋贮法。
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土窖贴法是选择地势高干燥向阳排水良好的地方，根据贮量挖一个长方形深两米宽三米窖，底部和周围铺一层塑料将粉碎的秸秆方入窖内，分层喷洒生物调制稀释液压实，密封即可。塑料袋贮法，将粉碎的秸秆和生物调制剂拌好后方入塑料袋将袋口扎紧即可。